Charles trước tòa, tranh của Edward Bower, 1649. Râu và tóc của ông đều mọc dài vì Nghị viện đã đuổi người thợ cắt tóc của ông, và ông từ chối cho bất cứ ai đến gần ông mà mang theo lưỡi dao cạo.[249]Charles (quay lưng lại với những người chứng kiến) trước tòa đại hình, 1649[250]

Charles bị chuyển tới Lâu đài Hurst vào cuối năm 1648, và sau đó đến Lâu đài Windsor.[251] Tháng 1 năm 1649, Hạ viện Còn lại truy tố ông vì tội phản quốc, tuy rằng cáo buộc bị Thượng viện bác bỏ.[252] Ý tưởng xét xử nhà vua là một chuyện lạ thường.[253] Chánh thẩm pián của ba phiên tòa là Henry Rolle, Oliver St John vàd John Wilde – tất cả đều phản đối bản cáo trạng dành cho nhà vua là trái pháp luật.[254] Nghị viện Còn lại tự tuyên bố họ có thể tự nắm quyền lập pháp, thông qua một dự luật thiết lập một tòa án đắc biệt xét xử Charles, và tuyên bố dự luật trở thành đạo luật mà không cần sự đồng ý của hoàng gia.[255] Tòa đại hình Justice được thành lập sau Đạo luật này gồm 135 ủy viên, nhưng phần nhiều trong số họ từ chối nhiệm vụ hoặc không đến tòa.[256] Chỉ có 68 người (đều là thành viên Nghị viện) tham gia phiên tòa xét xử Charles về tội phản quốc và "những tội lớn khác" bắt đầu vào ngày 20 tháng 1 năm 1649 tại Đại sảnh Westminster.[257] John Bradshaw là Chủ thẩm phiên tòa, và người đứng truy tố là Luật sư John Cook.[258]

Charles đã bị buộc tội phản quốc, chống lại Anh quốc bằng cách dùng quyền lực của mình để chăm lo cho lợi ích cá nhân thay vì lợi ích quốc gia.[259] Bản cáo trạng nói rằng ông, "cho những dự định đã thực hiện của ông ta, cho việc bảo vệ bản thân ông ta và người ủng hộ ông ta là mục đích của những hành động xấu xa của ông ta và bọn chúng, và cuối cùng dẫn đến sự phản bội và ngoan cố trong cuộc chiến chống lại Nghị viện hiện nay, và những người đứng đại diện (trong Nghị viện)", và rằng "chính sách độc ác, chiến tranh, và những hành động xấu xa của ông ta, ông Charles Stuart, đã làm, và ông ta làm điều đó vì sự thăng tiến và lợi ích cá nhân, ý thích, quyền lực, cho ông ta và gia đình ông ta, chống lại lợi ích quốc gia, quyền cộng đồng, sự tự do, công lý, và hòa bình của mọi công dân trên đất nước này."[259] Phản ánh đúng các khái niệm hiện đại về trách nhiệm của người chỉ huy,[260] bản cáo trạng buộc tội ông "kết tội tất cả những ai làm phản, giết người, cướp bóc, thiêu sống, ăn cắp, tàn phá, gây thiệt hại tổn lại đến đất nước này, hành động và tham gia trong các cuộc chiến tranh đã nói đến, hoặc gây ra điều đó."[261] Ước tính khoảng 300,000 người, 6% dân số chết vì chiến tranh.[262]

Trong ba ngày xét xử đầu tiên, bất cứ khi nào được yêu cầu tìm người bào chữa, ông từ chối,[263] và bày tỏ sự phản đối của mình: "Quả nhân không biết là với cái danh nghĩa gì đưa quả nhân đến đây, là quyền thế hợp pháp à...?"[264] Ông tuyên bố là không có tòa án nào có thẩm quyền xét xử một vị quân vương,[253] quyền lực cai trị của riêng ông được Chúa ban cho và bởi những luật lệ truyền thống của Anh quốc, và rằng cách duy nhất để ông giữ được quyền lực đó là phải dựa vào lực lượng vũ trang. Charles nhấn mạnh phiên tòa là bất hợp pháp, giải thích rằng,

Không có một quyền thế nào trên thế giới này có thể thẩm vấn quả nhân (là vua của các ngươi) với những câu hỏi như thể đối với tội phạm ... Việc làm ngày hôm nay không được công nhận theo luật của Chúa, mà trái lại, quyền thế cần phải được tuân phục của một vị vua được chứng thực trong cả Cựu Ước và Tân Ước ... Đối với pháp luật của vùng đất này, Quả nhân không phải không tự tin, không có một luật sư nào dám giả dối khẳng định sự luận tội chống lại nhà vua, tất cả họ đều sẽ tự làm theo ý của mình: và một trong những châm ngôn của họ là, nhà vua không làm gì sai ... Thượng viện bị loại trừ hoàn toàn; và còn Hạ viện, ai cũng biết rằng phần lớn thành viên Hạ viện đang bị giam giữ hay bị loại bỏ khỏi chức vụ ... những gì Quả nhân làm chỉ là bảo vệ những nguyên tắc cơ bản của vương quốc này và chống lại những ai cho là quyền lực của Quả nhân đã hoàn toàn làm thay đổi chính quyền cổ xưa.[265]

Tòa án, ngược lại, bác bỏ đặc quyền miễn truy tố của quốc vương, và đề xuất "Nhà vua của Anh không phải là một cá nhân, mà là một chức vụ mà người nắm giữ nó được giao phó một quyền lực hạn chế để cai trị 'bởi và theo pháp luật của đất nước và không là cái gì khác'."[266]

Wikisource tiếng Việt có toàn văn tác phẩm về: Death warrant of King Charles I

Vào cuối ngày thứ ba, Charles bị đưa ra khỏi tòa án,[267] và sau đó hơn 30 nhân chứng bắt đầu chống lại nhà vua khi ông không có mặt ở đó vào hai ngày tiếp theo, và ngày 26 tháng 1 ông bị xử tội chết. Ngày hôm sau, đức vua bị giải ra trước quần chúng, bị tuyên bố có tội và bị kết án.[268] 59 ủy viên đã ký tên vào bản án tử hình của ông.[269]